Saison 1

Le Capitaine Dylan Hunt est le commandant d'un vaisseau spatial, l'Andromeda Ascendant, contrôlé par une intelligence artificielle. Dylan vit sous l'ère de la République Galactique. Mais quand son vaisseau est attaqué par des armées nietzschéennes, il ordonne aux membres de l'équipage de quitter le vaisseau, attiré par un trou noir. Celui-ci faisant office de passage dans le temps, Dylan se retrouve 300 ans dans le futur...

Gerentex, l'employeur du vaisseau de sauvetage, est bien décidé à récupérer l'Andromeda Ascendant et à tuer Dylan. Mais ses mercenaires, ainsi que Beka et son équipage, qui veulent revendre le vaisseau, ont beaucoup de mal à venir à bout du commandant. Bientôt tous comprennent que Gerentx a un intérêt tout particulier à vouloir l'Andromeda Ascendant...

Dylan et les membres de l'équipage découvrent une station qui, au premier abord, semble vide. Mais ils s'aperçoivent rapidement qu'un groupe d'enfants, que des radiations empêchent de grandir, tiennent la station. Alors qu'il visite les lieux, Dylan donne aux enfants, par inadvertance, un code leur donnant accès à des bombes qui pourraient leur permettre de détruire plusieurs systèmes solaires...

Dylan a du mal à imposer son autorité sur les autres membres de l'équipage, en particulier sur Beka et Tyr. Ils découvrent des ruines dans lesquelles Andromeda reconnaît un vaisseau d'assistance médicale, non armé, qu'elle connaissait. Mais une alarme signalant l'approche de missiles laisse penser à l'équipage qu'un vaisseau de guerre n'est pas loin...

Quand Dylan décide de venir en aide à un vaisseau en proie à un autre vaisseau nietzschéen, Tyr n'apprécie pas du tout. Mais, avec une volonté toujours aussi affirmée de rétablir la République, Dylan veut essayer de faire signer un traité entre les Than et les Nietzschéens. Cela n'est pas sans entraîner l'Andromeda au beau milieu de sérieuses hostilités...

Tyr essaie d'apprendre à Trance des techniques de pilotage, mais celle-ci perd le contrôle de son engin. Cela provoque le retour de l'Andromeda au jour et au lieu où la République a perdu sa plus importante bataille. Tout l'équipage du vaisseau, en attendant un retour chez eux, est déchiré entre l'envie de changer le cours de l'histoire en faisant gagner l'armée de la République et le bon sens qui leur dit de laisser les choses telles qu'elles sont...

L'Andromeda reçoit un appel de détresse de Khalsa, un personnage important chez les prêcheurs. Dylan accepte de l'aider car il est blessé. Une fois à bord, Beka est surprise de s'apercevoir que le pilote de Khalsa n'est autre que son frère, Rafe. Selon lui, leur vaisseau a été attaqué par des destructeurs. Mais connaissant son frère, Beka doute que celui-ci lui dise toute la vérité sur ses agissements...

Dylan se remémore avec peine à sa vie dans le passé, à sa famille, et surtout à sa fiancée Sara dont il a été séparé quand il a été attiré dans le trou noir. Au même moment, Harper élabore une machine qui permettrait de se téléporter. Lorsque l'Andromeda reçoit un message venu du Starry Wisdom, le vaisseau où Sara avait échoué, Dylan décide que le temps de tester la machine d'Harper est venu...

Dylan et Rommie se rendent sur la planète Arazia dans l'espoir de faire signer au grand Conseil une nouvelle Constitution qui réunirait cinquante planètes et restaurerait la République Galactique. Mais les choses ne se passent pas comme prévu. Dylan se retrouve en prison sur cette planète et n'a plus la possibilité de prendre contact avec le reste de son équipage, resté sur l'Eureka Maru...

Rommie et l'équipage de l'Andromeda organisent un repas pour les fonctionnaires de Castalia, une République comprenant des êtres qui respirent de l'air et d'autres qui respirent de l'eau. Le président Lee est bien décidé à signer la convention de Dylan. Mais au beau milieu du repas, Tyr surgit, prétendant que Lee a ordonné la mort de plusieurs nietzschéens. Peu de temps après, on retrouve le président Lee mort...

La nouvelle parvient à l'Andromeda que les deux plus grosses compagnies de transport vont s'associer, détruisant les chances des petites compagnies privées. Cela affecte Beka qui faisait elle-même partie de ces petites compagnies. Quand elle reçoit un message de Sid Barry, un ancien partenaire de son père, demandant à la voir, elle est prête à partir immédiatement. Trance se propose pour l'accompagner...

L'équipage de l'Andromeda va à la rencontre d'un magnifique vaisseau de la garde suprême, qui ressemble en tous points à l'Andromeda. Rommie les informe rapidement qu'il s'agit en fait de sa grande soeur, le Pax Magellanic. A son bord, Jill Pearce leur apprend que son commandant était mort lors d'une attaque nietzschéenne et que l'intelligence artificielle du vaisseau avait été grandement endommagée. Rommie décide de s'introduire dans le système...

Yvaine et son fils de seize ans, Breyon, sont partis pêcher sur la planète Midden quand un vaisseau vient s'écraser non loin. Lorsqu'ils vont voir s'il y a des blessés, il découvre Tyr, à bord du Eureka Maru, qui a perdu la mémoire sur ce qui s'est passé et même sur son identité. De leur côté, Beka et Dylan sont sur l'Andromeda et tentent de retrouver la trace du Maru et de Tyr...

Alors qu'ils étaient allés chercher des provisions et qu'ils reviennent à bord du Maru, Beka et Harper entrent en collision avec un petit objet. Ils y trouvent un "Perseid" mortellement blessé. Juste avant de mourir, il mord Harper dans le cou. De retour sur l'Andromeda, ils apprennent que le Perseid était recherché. Peu à peu, Harper fait preuve d'une intelligence qu'il n'avait pas jusqu'alors. Son cerveau semble bientôt surchargé de connaissances...

Dylan revit les circonstances dans lesquelles il a connu, 300 ans auparavant, le dictateur de la planète Mobius 3, le Grand Bâtisseur. Venetri n'était alors qu'un petit architecte, et Dylan un lieutenant chargé par la République de neutraliser ce tyran en l'extradant de force vers Tarn Verda. Mais cette mission s'était soldée par de nombreux morts...

Des débris s'approchent dangereusement de l'Andromeda, mais alors qu'il se prépare à les contourner, l'équipage de l'Andromeda voit les débris prendre forme humaine. Le robot humanoïde HG monte alors à bord du vaisseau. Apprenant qu'il fait partie d'une civilisation entièrement constituée de machines, Dylan l'accepte à son bord dans l'espoir d'acquérir un nouvel allié dans la recherche de la paix. Mais la paix ne semble pas être son principal objectif...

Gerentex, l'ancien employeur de Beka et de son équipage, vient à bord de l'Euraka Maru à la rencontre de Harper et de Trance Gemini. Il a du mal à comprendre comment cette dernière a pu survivre à son attaque. Il pointe son arme sur eux et leur explique qu'il a des problèmes financiers. Il est décidé à s'emparer de l'Andromeda pour le proposer à son acheteur et à revendre les bombes Novas au plus offrant...

Un ami prêcheur de Rev Bem l'appelle à l'aide. Il est inquiet pour son peuple, les Hajira. Un peuple pacifique dont les installations sont à la merci d'un peuple avide de pouvoir. Dylan accepte tout naturellement de leur venir en aide. Mais pour cela, il faudra, à lui et à Rev, leur enseigner les bases des techniques de combat et de défense, ce qui risque d'altérer pour toujours le capital génétique de la race...

Deux communautés nietzschéennes rivales décident de marier la fille et le fils de leur chef respectif, espérant instaurer un climat de confiance entre eux. Mais un danger menace les futurs époux. Les Dragans, ennemis jurés de Tyr, voient cette alliance d'un mauvais oeil et redoutent d'avoir affaire par la suite à une coalition aussi forte que la leur. Dylan accepte de transporter la future mariée jusqu'au lieu de la cérémonie pour assurer sa protection...

L'équipage de l'Andromeda assiste impuissant à la destruction d'un vaisseau de transport de voyageurs. Il y a toutefois un rescapé qui a réussi à s'enfuir. Il s'agit de Gabriel, un androïde et il semblerait que Rommie ne soit pas insensible à son charme...

Croyant qu'une importante panne mécanique menace l'Andromeda, Dylan se rend dans la salle des machines. Mais tout l'équipage l'attend là avec des bougies pour lui faire une surprise et lui fêter son anniversaire. Beka lui offre un cadeau, une carte qui pourrait lui permettre de retourner sur sa planète d'origine : Tarn-Vedra. Malgré le fait que le voyage soit assez dangereux, Beka est prête à tout pour mener l'Andromeda jusque-là...

Alors qu'Harper est dans une réalité virtuelle pour réparer l'Andromeda Ascendant, il découvre une autre Rommie qui semble être en veille. Mais à la suite d'une fausse manoeuvre, cette deuxième Rommie est réveillée et prend la place de l'autre...