Saison 2

L'Andromeda a été sévèrement touché par l'attaque du Magog. Les membres de l'équipage reviennent peu à peu à eux et Beka se lance à la recherche de Trance. Après l'avoir retrouvée, elle s'évanouit. Rommie ordonne à Trance de conduire Beka et Dylan à l'infirmerie mais ils sont attaqués en chemin par un Magog.

De retour de mission, le Maru est attaqué par un groupe de Nietzschéens. Le vaisseau tente de leur échapper mais est touché. L'équipage n'a plus d'autre choix que de poser l'appareil sur une planète inconnue. L'atterrissage est mouvementé et le vaisseau s'écrase dans la neige.

Dylan décide de prendre en main des négociations entre deux peuplades ennemies, les Chichins et les Thans. Les deux nations se querellent autour de la possession du Coeur d'Hegemon, une relique sacrée pour les Chichins volée par les Thans. Soucieux d'obtenir la paix, Dylan fait fabriquer une copie de l'objet puis la substitue au vrai.

Dylan et l'ambassadeur Inari assistent impuissants à l'attaque d'un cargo Inarien. Whendar supplie Dylan de venir en aide à son peuple. Dans le même temps, il demande à Trance de venir parler à ses compatriotes des différences entre leurs peuples. D'abord enthousiaste, elle réalise peu de temps après son arrivée qu'elle a été piégée.

Alors que les réparations se poursuivent à bord de l'Andromeda, Dylan décide de partir à la recherche d'Isabella Ortiz, ancienne dirigeante disparue après avoir été attaquée par les Kalderain. Envoyés sur une planète où la jeune femme a été vue, Dylan et ses compères se retrouvent dans un bar où le patron reconnaît en Isabella un médecin du nom de Cory.

Le combat avec le Basilisk est imminent. Alors qu'ils pensent disposer de temps pour se préparer, Dylan et Beka comprennent que l'attaque aura lieu dans moins de 48h. Sur la planète Machen Alpha, Rommie recherche son informateur, M. Kim. Au moment où elle le retrouve dans un hôtel, des gardes font irruption dans la pièce...

L'Andromeda escorte un convoi humanitaire transportant des médicaments pour le peuple de Rodina. Mais pour y arriver, le vaisseau doit traverser une zone sous contrôle nietzschéen. Tyr et Dylan tentent de neutraliser le système de commande des Nietzschéens mais ils découvrent que ce système est très bien défendu.

Un étranger prétend être porteur d'un message de Sara Riley, la fiancée de Dylan décédée depuis longtemps. Elle y explique que l'univers est au bord de la guerre et que le seul endroit sûr est la planète Tarazed. L'équipage se rend sur cette planète et y est accueilli avec les honneurs.

L'Andromeda accueille des délégués de nombreuses nations venus signer la nouvelle charte du Commonwealth lorsqu'un représentant inattendu fait son apparition, Charlemagne Bolivar, membre des Sabra-Jaguar. Il affirme que son peuple souhaite intégrer le Commonwealth mais Dylan n'est pas dupe.

Dylan et ses hommes viennent au secours de la famille royale de Ne'Holland dont beaucoup de membres sont morts au cours d'une récente attaque. Le Prince Erik doit accéder au trône mais il n'est pas prêt à endosser ce rôle. Dylan découvre le passé troublant de la famille royale.

Dylan est contraint de s'allier aux Sabra-Jaguars pour combattre les Dragans en vertu du Pacte de Défense Mutuelle. Harper apprend que son cousin Brendan a appelé les Terriens au soulèvement contre les Nietzschéens qui les asservissent. Harper et Rommie viennent sur Terre prêter main forte aux révolutionnaires.

Harper est désespéré de voir Rev Bem quitter l'équipage. Il était en effet sa seule chance de se débarrasser des oeufs de Magog enfouis dans son estomac. Voyant l'état de leur ami empirer, l'équipage décide de se mettre à la recherche du plus grand expert en la matière, le Directeur Technique des Sinti, Hohne.

Dylan prend en otage un vaisseau de touristes pour échapper à des tueurs qui le poursuivent. Mais l'appareil connaît des difficultés et doit se poser sur la planète où Dylan a été piégé. Tyr rejoint l'Andromeda mais l'équipage ne comprend pas pourquoi il rentre sans Dylan.

Beka reçoit un message de la planète Cascada l'informant que Bobby Jensen, un ancien camarade, est mort et l'a désignée comme héritière. Elle se rend sur cette planète accompagnée de Dylan et Harper lorsqu'un cyborg fait irruption dans le vaisseau et les menace...

Alors que l'équipage évacue des colons gravement blessés, l'Andromeda est touché par des dizaines de missiles. Les assaillants, des Thans, sont pourtant des alliés. Alors que les blessés meurent les uns après les autres, Rommie annonce que les armes utilisées contre l'Andromeda étaient bactériologiques.

Beka demande à Dylan et Trance de l'accompagner à la recherche d'une machine légendaire capable de bouleverser le temps et l'espace. Sur la planète Shintaida, ils découvrent un camp abandonné jonché de cadavres. Ils y sont attaqués par des meurtriers désirant eux-aussi s'emparer de la machine.

Alors que l'Andromeda approche d'un trou noir, Dylan part à bord de l'Eureka Maru en quête d'informations. Mais il disparaît dans une explosion et se retrouve sur une plage aux côtés de sa femme et de son fils, dans un monde féerique mais irréel.

L'Andromeda découvre un vaisseau Kalderain partiellement détruit, dont le journal de bord révèle que ses assaillants étaient des Vedrans, une espèce éteinte depuis la chute du Commonwealth. Dylan décide de rechercher les derniers spécimens de cette espèce et se rend sur la planète Ral Partheia.

Dylan et Trance reçoivent un appel à l'aide en provenance de la planète Savion, dont les habitants prétendent avoir été attaqués par une créature mythologique. D'abord perplexes, ils doivent se rendre à l'évidence en découvrant les énormes traces laissées par la créature sur la planète.

Beka et Harper tentent de convaincre Falin de rejoindre le Commonwealth qui compterait ainsi cinquante nations. Dylan, Tyr et Rommie se lancent à la recherche d'un vaisseau d'anciens gardes du Commonwealth capturé 300 ans plus tôt et découvrent 53 appareils abandonnés.

Dylan et Tyr assistent, horrifiés, à l'attaque de Nietzschéens par des Genites. Afin de sauver la femme de Tyr qui fait partie des colons attaqués, l'Andromeda se met en route pour le secteur Vadris. Dylan décide de ruser pour berner les Genites et laisser le temps à Tyr de prévenir son peuple.

Les délégués des nations du Commonwealth sont sur le point de signer la Charte lorsqu'une explosion secoue l'Andromeda. Dylan prie ses invités de ne pas paniquer mais ils sont attaqués par des aliens cachés dans le tunnel d'un univers parallèle. La seule façon de sauver les représentants et l'équipage est de bloquer le tunnel et de le faire exploser.