Saison 4

L'Androméda se retrouve aux confins de la galaxie. Un message du chef de la sécurité de la République rend Dylan responsable de la débâcle contre les Nietzschéens, et revendique la capture de l'un des triumvirs. Dylan décide de se lancer à sa poursuite, dans une zone mystérieuse et pleine de dangers.

La triumvir Tri-jema demande à Dylan d'enquêter sur un mystérieux augure, qui a prédit qu'ils trahiront tous deux la République. L'Androméda se rend donc sur la station Ganglia, contrôlée par le 'Citoyen Huit', un riche industriel qui fabrique les futurs vaisseaux de la flotte. Il semble avoir l'intention de remplacer la Triumvir au pouvoir.

L'Androméda est envoyé vers une étrange lune par le Triumvirat. Arrivés sur place, le vaisseau est pris par un champ gravitationnel qui menace de le faire s'écraser sur la lune. La seule solution consiste à débarquer pour saboter directement les installations ennemies. Une fois au sol, Dylan retrouve une de ses anciennes amies : Molly qui semble être elle aussi la cible d'un savant fou.

Un jeune pilote prévient l'Androméda qu'une flotte Nietzschéenne a attaqué et détruit un croiseur de la République dans le système d'Almagast. Une fois sur place, Dylan décide d'aller enquêter sur la planète. A peine est-il parti qu'une violente éruption solaire brouille les systèmes informatiques de son chasseur et de l'Androméda.

Le vaisseau Androméda découvre un vaisseau transport à la dérive. L'équipage de cette épave a été attaqué par les Nietzschéens et est retrouvé par Dylan, le capitaine de l'Andromeda, en état d'inconscience. Les Nietzschéens auraient utilisé une nouvelle arme destructrice à échelle planétaire. Dylan décide de partir à la recherche de cette arme.

L'Androméda croise un transport de prisonniers sous le feu des Nietzschéens. Le pilote n'est autre que Télémaque Rhaïdé, en mission secrète. Les Nietzschéens parviennent à récupérer le prisonnier : Tyr Anasazi, nouveau chef auto proclamé des tribus. Il s'est uni avec un puissant Collecteur pour récupérer la voie de l'éternité, une carte spatiale qui pourrait permettre de vaincre l'Abysse.

Béka rejoint Tyr, et lui promet de l'aider à obtenir la Voie de l'éternité, seul espoir dans la lutte contre l'Abysse et les Magogs. Avec les forces Nietzschéennes aux trousses, l'Androméda se lance sur la Voie indiquée par la carte spatiale, et traverse le portail qui mène à l'univers dont est issu l'Abysse.

Dylan et son équipage font une halte dans le secteur de Baltria, planète ou règne le désordre. Patrius, le maître de la planète Baltria, demande à Dylan, de l'ordre pour court-circuiter le système de protection du " cristal ", source énergétique de la planète. Les intentions de Patrius ne sont pas si honorables.

Alors que Dylan doit superviser une conférence de chercheurs et de scientifiques, des baillis de la garde suprême font irruption à son bord et l'emmènent pour interrogatoire. Harper se retrouve seul à gérer la conférence et découvre le corps sans vie d'un chercheur, qui a subi une opération cérébrale suspecte.

Le leader de l'un des plus grand empire de la république demande l'aide de Dylan et de son équipage pour retrouver sa fille, la princesse Aleiss, qui a été enlevé lors d'un détournement du vaisseau cargo où elle se trouvait. Au fil de l'enquête, Dylan s'aperçoit que les intentions de ce leader ne sont pas celles que l'on croyait.

Dylan est emmené sur la planète Tarazi pour y être jugé. Tri lorn et les autres Triumvirs lui reprochent d'avoir comploté contre la République. C'est le Collecteur Pish, son ennemi juré, qui expose à Dylan les preuves plus ou moins réelles de sa culpabilité. L'équipage est prêt à témoigner pour sauver son capitaine, voire à prendre les armes contre la République.

Le capitaine Dylan et son équipage interceptent un vaisseau cargo de contrebande en provenance du système du vice roi Moldar. Celui-ci nie toute implication dans un quelconque trafic d'armes. Dylan découvre que la contrebande ne concerne pas du matériel mais d'entités vivantes.

Pour échapper à leurs poursuivants, Dylan et Harper tentent de rendre l'Androméda invisible, mais l'expérience tourne mal. Dylan disparaît, et se retrouve projeté dans une réalité parallèle, où la chute n'a pas eu lieu. La République, complètement corrompue par l'Abysse, est aujourd'hui dirigée par Harper, tandis que Béka commande une faction rebelle.

L'Andromeda repère dans l'espace deux vaisseaux en perdition, chacun délivrant un message de détresse. Ces deux vaisseaux transportent les deux leaders ennemis de la planète trillin qui se livre a des guerres depuis la fin des temps. Pendant la confrontation de ces deux chef sur l'Andromeda le capitaine Dylan est blessé et contaminé par un étrange virus.

Un vieil ami du capitaine Dylan l'invite a le rejoindre sur la planète Juko, planète habitée par des criminels et des drogués. Dylan accepte cette invitation car il est persuadé que son ami se fourvoie dans sa volonté de s'installer sur cette planète. Rev, l'ami de Dylan a fait alliance avec les " collecteurs " et aident les derniers à enlever Dylan. Le capitaine se retrouve sur un vaisseau carcéral à la dérive aux abords d'un trou noir.

Le capitaine Dylan trouve étrange que les chasseurs rebelles parviennent toujours à localiser l'Androméda. Il pense qu'il y a un traître à bord. Une enquête montre que les réactions de Béka avant chaque attaque rebelle sont anormales. Béka est interrogée et l'équipage découvre vite qu'elle est possédée par une étrange force : l'Abysse.

Harper est kidnappé par le patriarche, un fou furieux qui a pour projet de construire un pont entre sa planète et sa lune, pont qui s'avère être une machine à voyager dans le temps. Le patriarche compte sur les talents de scientifique de Harper pour l'aider à concrétiser son projet.

Indra Xicol, un agent secret au service de Tri-Jema est chargée de récupérer la carte spatiale pour la République. Dylan lui fait croire que le document a été volé mais qu'il en existe un double sur une planète labyrinthe. En fait, ce n'est qu'un subterfuge pour tester la fiabilité de celui ou celle à qui il doit confier la carte. Néanmoins, il ne peut s'empêcher de ressentir une certaine attirance pour la belle Indra.

L'intelligence artificielle de l'Andromeda juge que Rommie se laisse déborder par ses émotions et met en danger le vaisseau et son équipage. Elle la déconnecte de l'ordinateur central, interrompant toute activité à bord. Mais un énorme vaisseau satellite Magog est sur le point de venir lui livrer combat et Dylan essaie tant bien que mal de s'armer pour repousser la menace.

Un vieillard se faisant passer pour un prêcheur est assassiné par des agents de l'Abysse. Béka reconnait en lui un ancien équipier de son père, qui travaillait sur le Maru alors qu'elle était enfant. C'est en réalité un vrai collecteur, qui réunit des archives pour préserver le savoir et non pour prendre le pouvoir. Tout l'équipage se met alors à la recherche des fameuses archives, qui pourraient contenir un moyen de vaincre l'Abysse.

L'Androméda sauve un vaisseau diplomatique qui s'était aventuré dans une zone dangereuse. L'ambassadeur explique à Dylan que sa station spatiale, l'arcologie, vient de négocier un traité de paix avec les Magogs. Peu de temps après, il meurt dévoré de l'intérieur par des larves Magog. L'Androméda décide alors de rejoindre l'arcologie pour avertir ses habitants du danger.

Les Magogs attaquent l'arcologie, une station spatiale dont le peuple est très pacifiste. Son ancien chef, Marlowe, en a confié la défense à Dylan. Le reste de l'équipage est divisé. Harper, Trance et Rhaïde veulent aider Dylan, alors que Béka refuse de se sacrifier, et préfère fuir à bord de l'Euréka Maru. Rhaïdié parvient à convaincre Louisa que la force est le seul moyen de repousser l'invasion Magog.