Saison 1

Un jet privé s'est écrasé aux Everglades. Alors que les experts recherchent d'éventuels survivants, ils découvrent le corps d'une femme à 8 km du lieu du crash. D'après le seul survivant de l'accident, la femme aurait ouvert la trappe de l'avion pour se suicider. Mais Horatio en doute.

Après que son mentor a perdu la vie en tentant de désamorcer une bombe, Horatio est déterminé à retrouver le coupable. Mais Megan doute de sa faculté à mener une enquête qui le touche de si près... L'équipe passe la zone au peigne fin et s'interroge. C'est alors qu'Horatio et Megan sont appelés à se rendre sur les lieux d'une autre alerte à la bombe.

Un requin est repêché sur les côtes de Miami. A l'intérieur se trouve des restes humains : un avant-bras et une partie d'un torse avec une blessure par balle de calibre .45. Grâce à un tatouage sur l'avant-bras, les experts découvrent que la victime est un réfugié politique de Cuba.

Un homme mort, avec une coupure à la gorge et le visage partiellement brûlé, est découvert sur la plage de Miami. A ses côtés se trouve une jeune fille inconsciente qui a été battue et jetée dans l'océan. L'enquête conduit Horatio à suspecter une importante famille de Floride et son patriarche, connu pour son inflexibilité. Ce dernier a déjà été mêlé dans le passé à une mystérieuse affaire qui a tourmenté Horatio pendant de longues années.

Un prêtre est retrouvé mort dans son presbytère. Megan, Calleigh et Speedle suspectent un des enfants de coeur de l'église. De leur côté, Horatio et Eric tentent de résoudre le cas, intense en émotions, d'une femme enceinte décédée dans l'explosion de son véhicule.

Une petite fille de 5 ans a été assassinée dans les toilettes d'un parc d'attraction pour enfants. Les experts se réunissent au complet pour traquer le coupable de ce crime atroce.

Horatio, Calleigh et Speedle enquêtent sur la mort d'un danseur exotique prénommé Noel. Ils doivent faire le tri parmi les indices afin de déterminer le mobile du crime. Pendant ce temps, Eric et Megan travaillent sur le cas mystérieux d'un plongeur trouvé mort sur un bateau.

Horatio et toute son équipe doivent découvrir des indices sur le massacre d'une famille entière, qui a eu lieu dans leur propre maison. Les seuls survivants sont un petit enfant couvert de sang, ainsi que le père, transporté à l'hôpital. Les premiers soupçons se portent immédiatement sur la mère, mais les éléments de preuves révèlent une toute autre vérité.

Trois personnes sont tuées dans le centre de Miami, d'une balle entre les deux yeux. Horatio et son équipe se lancent alors sur la trace d'un sniper. Peu après, une quatrième personne est abattue de la même manière.

Horatio, Speedle et Calleigh recherchent des indices concernant le meurtre d'un professeur d'Université aux méthodes d'enseignement étranges et peu conventionnelles, retrouvé mort attaché à un arbre. Quant à Delko et Megan, ils s'occupent d'un cadavre enfermé dans le coffre d'une voiture immergée dans l'eau.

Le cadavre d'une jeune mannequin est découvert près d'un camp de détention pour mineures. D'autre part, Delko et Speedle examinent le corps d'un homme qui s'est selon toute vraisemblance consumé de l'intérieur.

Horatio et Speedle enquêtent sur le meurtre d'une prostituée trouvée sous un lit, dans un hôtel au bord de la plage. Son corps, nu, a été poignardé 23 fois. La scène du crime ne comporte que peu de traces de sang car le tueur a savonné sa victime dans la baignoire.