Saison 3

Quelques minutes après que les coups de feux retentissent au cours de la conférence, l'assassin de Nathan est révélé. Sylar de retour, paie une visite à Claire pendant que Mia et Suresh ont une dispute très productive. De l'autre côté de la planète c'est Hiro et Ando qui tentent de protéger un secret qui pourrait dévaster la planète.

Angela et Peter deviennent partenaires dans le but d'empêcher une catastrophe mondiale. Sylar lance un assaut sur la Compagnie et découvre le Niveau 5. Claire fait une découverte sur son pouvoir pendant qu'Hiro et Ando suivent Daphne jusqu'à Paris. Mia et Suresh progressent autant dans leurs recherches que dans leurs relation.

Lorsque quatre méchants prennent des otages dans une banque, Angela envoie H.R.G et son nouveau compagnon très puissant après eux. Hiro et Ando poursuivent Daphne jusqu'en Allemagne mais se heurtent au Haïtien. Claire, troublé demande à Meredith de lui apprendre à combattre. Suresh découvre les effets secondaires de ses expériences.

Alors que Peter adapte une très dangereuse habilité afin de sauver le monde, HRG se débarrasse de son nouveau partenaire. Hiro et Ando tentent de découvrir qui à engager Daphne.

Matt découvre rapidement ce que son futur lui réserve, alors que Claire enferme son premier vilain. Peter découvre que son passage dans le visite l'a changé, alors qu'Hiro et Ando tentent de devenir amis avec Daphne.

Hiro et les autres saisissent leurs offres et rejoignent Pinehearst Industries. Peter est changé au cours d'un meeting avec un des fondateurs de Pinehearst. Claire et Sandra font équipe pour sauver Meredith de Doyle.

Piegés, Nathan et Tracy doivent se battre pour rester en vie contre Suresh qui a mal tourné. "Elle" est de retour avec de terribles nouvelles pour Claire et sa famille. Angela tente de convaincre Sylar de sauver Peter, alors que Daphne est ordonnée de tuer Matt. Hiro questionne les conseils d'Usutu.

Pour se préparer à la confrontation qui approche, Hiro suit Arthur Petrelli dans les jours qui précèdent sa mort afin de comprendre ses raisons. Sylar accablé par la culpabilité tente de se repentir, mais c'est sans compte sur H.R.G et Elle qui sont à sa poursuite. L'entrainement de Meredith est au point mort après l'arrivée de son frère.

Après l'attaque d'Ando et Hiro en Afrique, Arthur envoie Flint et Know à la poursuite de Claire et Peter. Pendant ce temps, Sylar confronte Elle, Nathan apprend que son père est en vie et Matt tente de réveiller Angela.

Après avoir réunit Sylar et Elle, Arthur les envoie après Claire. Matt,Hiro et Ando poursuivent Daphne en Georgie pour savoir ce qu'elle cache. Peter et Nathan vont à Haiti pour trouver la seule personne capable d'arrêter leurs père.

L'éclipse à des effets désastreux sur les pouvoirs et Ando demandent de l'aide à deux fans de comics afin de retrouver sa mémoire. HRG part à la recherche de Sylar et Elle après que Claire soit blessée. Nathan et Peter combattent le frère de l'Haïtien.

Pour stopper Arthur, Hiro et Claire voyagent dans le passé. Peter et l'Haïtien partent à la recherche d'Arthur. Malheureusement, Sylar est là pour les stopper. Suresh fait une découverte importante sur la formule.

Après la confrontation avec Arthur, celui-ci, Peter et Nathan se retrouvent nez à nez et Nathan prend une décision qui va changer le monde entier. Sylar retient HRG, Claire, Meredith et Angel à Primatech pendant qu'Ando, Matt et Daphné tentent de récupérer Hiro.

Trois semaines après la destruction de Primatech et Pinehearst, les héros tentent de tourner la page et de recommencer leurs vies. Hiro essaye d'entrainer Ando pour en faire un véritable héros. Suresh redevient un chauffeur de taxi et Greg essaye de vivre une vie de couple normale. Sylar part à la recherche de ses vrais parents.

Les héros sont poursuivis par leurs dernier adversaire, Nathan. Matt peint une série d'images prophétiques et le tragique destin d'un de ses proches lui est révélé. Sylar, toujours à la recherche de son père, rencontre un jeu exclu avec des informations ainsi qu'un pouvoir.

Les plans de Nathan attirent l'attention du gouvernement. Sylar, avec Luke, part dans un voyage à la recherche de son père mais sont, sans le savoir, chassés par les agents de Nathan. La vie se complique un peu plus pour les Bennet quand Claire prends des mesures pour protéger un jeune homme avec un pouvoir. Les dessins de Matt mènent Ando et Hiro en Inde.

Matt interroge HRG et découvre les raisons de son implication avec Nathan. Les découvertes de Matt donnent lieu à une rencontre entre le Chasseur et Peter.

Après avoir obtenu un tuyau du Rebel, Matt et Peter foncent au Bulding 26 pour sauver Daphne et mettre la main sur des documents qui prouvent les plans du gouvernement pour les héros. Claire trouve de l'aide et se débrouille pour faire sortir Alex de la ville pendant que Sylar, toujours avec Luke, commence à se souvenir de son passé.

Sylar retrouve enfin son père biologique pendant que Claire reçoit un tuyau et doit décider si elle aidera son pire ennemi, Eric Doyle, à s'échapper. Le Chasseur se prépare à dévoiler les secrets des Petrelli et à reprendre l'opération de Nathan.

HRG convainc Danko de relâcher Tracy du Building 26 dans l'espoir qu'elle les mène au Rebel. Hiro et Ando protègent un nouvel héros sous les ordres du Rebel pendant qu'Angela s'échappe et va trouver de l'aide auprès d'une vieille connaissance.

Maintenant que le pouvoir de Nathan a été révélé et qu'il a perdu le contrôle de son opération, il s'enfuit à l'aide de Claire à Mexico. Le plan de Danko pour détruire tout les héros est mis en place grâce à un surprenant nouveau partenaire pendant qu'Angela et Peter se réconcilient.

La vie d'HRG continue de dégénérer et cela pourrait bien mettre fin à son mariage. Hiro et Ando continuent leur voyage avec une livraison spéciale pour Matt alors qu'Angela tente de se séparer des démons de son passé.

Avec l'aide de Peter, Claire, Nathan et Bennet, Angela arrive à découvrir des secrets bien gardés au sujet de son passé. Mohinder découvre que son père était impliqué dans une opération secrète du gouvernement.

Hiro et Ando s'attaquent au building 26 alors que Sylar poursuit sa route avec partenaire. Matt réalise qu'il a de nouvelles responsabilités en tant que père et Nathan tente de réparer ses erreurs au sein du gouvernement.

Sylar prend l'apparence de Nathan dans le but de serrer la main du Président pour le copier. Hiro, de son côté, se rend compte que l'utilisation d'un nouveau pouvoir à des effets secondaires catastrophiques alors que Matt doit prendre une dure décision pour protéger sa famille.