Saison 16

Un mois après l’enlèvement de Vance, Gibbs est nommé directeur par intérim tandis que l’équipe cherche dans le monde entier des informations sur sa localisation.

Après qu'un lieutenant de la marine a été retrouvé assassiné dans son bain à remous, l'équipe interroge un voisinage de la victime des plus étranges. Torres, quant à lui, doit faire face aux conséquences d’une soirée passée avec Palmer.

L’un des agents du NCIS est pris au piège après avoir enquêté sur une explosion devant la maison du Contremaître de première classe Todd Nicholas, et de sa femme, la star de la télé-réalité Sheba Nicholas. De son côté, Vance poursuit sa thérapie pour soigner les blessures en captivité.

Les vacances de Gibbs sont interrompues par une visite surprise de Tobias Fornell et du capitaine de la Marine Phillip Brooks, ainsi que par un appel du NCIS lui demandant de localiser un voleur caché dans des bois à proximité du lieu où il se trouve.

Alors qu’un enregistrement vieux de 50 ans laissé par une victime est retrouvé, toute l'équipe du NCIS tente d'innocenter Ray Jennings, le Marine qui purge une peine à perpétuité pour ce crime.

Le NCIS est appelé sur une scène de meurtre le jour d'Halloween. Torres reconnaît alors une des victimes : ils ont suivi une formation ensemble par le passé. Pendant ce temps, Jimmy est convaincu que sa salle d'autopsie est hantée...

Une fresque peinte par un artiste de rue et activiste est mystérieusement volée. L'équipe du NCIS enquête et découvre un complot impliquant un sous-traitant de la Navy et la sécurité des mammifères marins. Bishop partage un lien spécial avec l'artiste en question.

McGee et Bishop partent pour l'Afghanistan enquêter sur une série de soldats morts au combat. Le NCIS soupçonne que ces morts soient liées à un corps retrouvé dans le Potomac. Pendant ce temps, Kasie accompagne Torres sur le terrain à la recherche de preuves.

Lorsque la suspecte principale d'un cambriolage non résolu est libérée de prison, l'équipe du NCIS reprend son enquête avec une surveillance sous couverture...

Les projets de vacances du NCIS sont suspendus lorsque l'enquête sur le meurtre d'un ancien combattant de la marine mène à la découverte d'un nouveau-né sans identité.

Le secrétaire à la Défense, Wynn Crawford, met fin à l'enquête de Gibbs et exige l'arrestation des agents spéciaux McGee et Torres.

Un vieil ami de la famille supplie Gibbs de se joindre à lui lors d’un road trip. Pendant ce temps, un lieutenant de la Marine, en détention préventive, au NCIS est empoisonné par un célèbre trafiquant de drogue.

Après avoir retrouvé un enfant de 9 ans mal nourri et confus, dans une unité de stockage, le NCIS rouvre un cas de personnes disparues alors que cette fille serait la fille d'une recrue de la marine disparue il y a 10 ans. En outre, Bishop découvre des notes que l'agent spécial Ziva David a conservées dans l'affaire bien après que le NCIS ait officiellement cessé ses recherches.

McGee visite à contrecoeur son lycée après que le mot de passe informatique unique qu'il a utilisé à l'adolescence est lié au meurtre d'un sous-traitant du département de la défense. Le cas empire lorsqu'un intrus s'introduit dans la maison de McGee pour tenter de voler son ordinateur archaïque de lycée.

L'équipe du NCIS enquête sur la mort d'un homme tombé à la mer d'un destroyer de la marine. Torres est également frustré par l'engagement de Vance à diriger trois étudiants du secondaire.

Jimmy est déchiré entre sa famille et son travail après que son beau-père, Ed, lui ait demandé de falsifier les preuves de l'enquête en cours mené par le NCIS. De plus, Anthony DiNozzo Sr, ami de poker d'Ed, offre son aide pour l'affaire.

Gibbs et Bishop sont a bord d'un sous-marin nucléaire pour enquêter sur un meurtre. Celui-ci ne donne plus aucun signe de vie ce qui inquiète le directeur Vance.

Torres se réveille dans une barque délabré avec du sang a ses cotés. Il compte sur ces collègues pour l'aider a se souvenir des 12 dernières heures

Un hôpital naval est attaqué par un tireur fou. Le NCIS le recherche activement. Le passé de Sloane refait surface.

Le NCIS enquête sur l'assassinat d'un commandant de marine qui aurait été tué lors de l'attaque du Pentagone par le 11 septembre, après la découverte de restes humains sur un chantier de construction. Une histoire personnelle avec la victime pousse Gibbs à résoudre son crime.

L'équipe de Gibbs doit témoigner lors d'un procès concernant une très vieille affaire de meurtre et d'empoisonnement d'enfants par des crèmes glacées, résolue grâce à l'analyse systématique de l'ADN sur de vieilles affaires. Le procès est interrompu par un vice de procédure qui, malgré la culpabilité et les aveux de l'accusé, oblige le juge Deakin à libérer le prévenu. Cela provoque un émoi médiatique important tel que le lendemain, le prévenu est retrouvé mort assassiné dans sa voiture, le crime maquillé en overdose accidentelle. Le père de l'enfant tué par le meurtrier est suspecté en premier car il avait ouvertement menacé le prévenu après sa relaxe. Finalement, il est innocenté, et c'est l'huissier de justice qui est suspecté, il avouera après avoir été surpris en train de fuir vers l'Allemagne. Il dira à propos de ses actes, qu'ils étaient motivés par la justice, et qu'il était temps pour lui de profiter de ces mêmes vices de procédure qui permettaient la libération de criminels. Mais l'affaire se complique. En parallèle, l'investigation -débutée dans les épisodes précédents à propos de l'implication du secrétaire à la Navy dans une affaire de blanchiment d'argent- se poursuit et ouvre la possibilité d'un lien avec l'affaire en cours. Mc Gee est en Californie, officiellement en vacances avec sa famille, il est en réalité en infiltration dans une entreprise informatique qui avait tenté de le démarcher pour un poste. Lui et une charmante responsable des ressources humaine de l'entreprise entreprennent donc la visite des lieux. McGee cherche en réalité à accéder au cloud des données gouvernementales pour accéder à un document comptable pouvant éclaircir l'affaire de blanchiment d'argent. Après avoir trouvé ce qu'il cherchait, la jeune femme des ressources humaines se rend compte qu'il a consulté des données gouvernementales avant qu'elle arrive et prévient la sécurité. Mc Gee s'en tirera gr

Gibbs et son équipe recherche les membres d'une secte de justiciers tout en affrontant un élément de son passé. L'équipe découvrira cet événement qui fait que Gibbs aura un nouveau visage.

Gibbs mène une enquête tout en se confiant au docteur Confalone a cause de son passé

La santé de la nièce de Gibbs étant mauvaise, Gibbs traque un réseau de trafique de drogue. À la fin il reçoit une visite surprise.